一、泉州湾港区
泉州湾港区依托环泉州湾中心城区的发展,重点发展集装箱运输,继续发挥在国家内贸集装箱运输中的重要作用,逐步拓展近洋外贸航线,是兼顾腹地经济社会所需干散货和件杂货运输以及服务对台客滚运输的综合性港区。现有生产性泊位22个,其中万吨级以上11个,年设计通过能力2963万吨,其中集装箱214万标箱。
二、深沪湾港区
深沪湾港区根据后方产业的布局和发展,主要发展散杂货运输。现有生产性泊位3个,其中万吨级以上1个,年设计通过能力113万吨,其中集装箱5万标箱。
三、围头湾港区
围头湾港区依托并服务于后方石材资源和建材工业发展,重点发展石材、粮食、件杂货和对台直航运输,逐步拓展集装箱运输功能,开拓外贸航线。现有生产性泊位24个,其中万吨级以上2个,年设计通过能力842万吨,其中集装箱32万标箱。