陈华清同志（党委书记、主任）主持党委、行政全面工作。分管办公室、政治处（人事处）、财务处。

　　阮其如同志（党委委员、副主任）负责港政、法制、执法、信息化等工作。分管港航运行处、科技信息处、泉州湾港务站、围头湾港务站，联系泉州港口管理行政执法支队。

　　林登松同志（党委委员、纪委书记）负责党风廉政建设、纪检监察、审计等工作。分管监察审计处。

　　肖富同志（党委委员、副主任）负责港航规划建设、交通战备、生产安全、应急、环保、引航等工作。分管规划建设处、安全监督处、航道管理站、水运工程质量安全技术站、引航站。

　　除上述分工外，中心领导还承担各自分管领域党风廉政、意识形态、综治、安全、信访、保密、环保等工作。

　　陈华清同志出差、离岗休假或外出学习期间，指定1名负责同志主持日常工作。中心领导之间实行AB角制，具体为：陈华清和林登松互为AB角，阮其如和肖富互为AB角。